Alice tỉnh dậy trong một biệt thự. Lang thang qua hội trường của nó, cô buộc phải thoát khỏi một số bẫy an ninh. Tuy nhiên, cô cuối cùng đã bị giết bởi một quả mìn nảy dưới sàn nhà. Cơ thể của cô bị ném xuống một cái hố chứa hàng chục bản sao Alice, sau đó được tiết lộ là một phần của Dự án Alice.
Bất chấp những nỗ lực của Tập đoàn Dù để che giấu sự ô nhiễm của Tổ ong, vi-rút T đã lan ra bề mặt và ném bom hạt nhân vào Thành phố Raccoon, vi-rút T đã lan rộng khắp thế giới; ảnh hưởng đến con người, động vật và môi trường. Alice thực sự lang thang những bãi rác từng là miền Tây Nam Hoa Kỳ, khám phá thông tin về một khu vực không bị nhiễm bệnh ở Alaska. Cô cũng nhận ra rằng mình đã phát triển khả năng telekinetic do các thí nghiệm được thực hiện trên cô.
Trong khi đó, Tiến sĩ Sam Isaacs – cựu giám đốc Dự án Alice và là người đứng đầu cơ sở hiện tại của Bắc Mỹ có trụ sở tại Nevada – coi việc tái chiếm của Alice là ưu tiên hàng đầu do khả năng liên kết với virus T mà không bị biến đổi. Anh ta cố gắng thuyết phục ban giám đốc của Umbrella rằng anh ta có thể sử dụng máu của cô để phát triển phương pháp chữa trị vĩnh viễn cũng như chế ngự những thây ma bị nhiễm bệnh. Điều này đã bị bác bỏ bởi Albert Wesker, người đứng đầu cơ sở Tokyo của Umbrella; Wesker, từ chối ủy quyền cho việc chiếm lại Alice cho đến khi họ được thông báo về vị trí của cô, ra lệnh cho các Issac sử dụng bản sao của Alice.
Ở những nơi khác, một đoàn người sống sót do Claire Redfield dẫn đầu đi khắp đất nước để tìm kiếm nguồn cung cấp. Đoàn xe bao gồm những người sống sót ở Thành phố Raccoon Carlos Oliveira và L.J. Trong khi tìm kiếm một nhà nghỉ, L.J. bị zombie cắn, nhưng anh ta giữ im lặng về điều đó. Sáng hôm sau, đoàn xe bị tấn công bởi những con quạ đã ăn thịt người bị nhiễm bệnh. Đoàn xe gần như choáng ngợp cho đến khi Alice xuất hiện và cứu họ bằng thần điện của cô trước khi bất tỉnh. Khi cô hồi phục, Alice được giới thiệu với Claire và nói với cô những gì cô biết; thuyết phục cô đưa đoàn xe đến Alaska.
Những nỗ lực thuần hóa người nhiễm bệnh của Isaacs đã dẫn đến một giống zombie mới. Nhân viên an ninh của Wesker, Đại úy Alexander Slater, rất kiên quyết về sự coi thường của Isaacs đối với các quy định của Umbrella. Wesker, ở riêng, bảo Slater xem Isaacs và giết anh ta nếu anh ta không tuân theo mệnh lệnh. Sử dụng tín hiệu được gửi bởi telekinesis của cô ấy, Ô tam giác vị trí của Alice. Tiến sĩ Isaacs gửi những thây ma mới của mình để phục kích đoàn xe, chống lại mệnh lệnh cụ thể của Wesker. Trong cuộc tấn công, hầu hết các đoàn xe đều bị giết và L.J. không chịu nổi sự nhiễm trùng của mình, cắn Carlos. Umbrella cố gắng đóng cửa Alice từ xa, nhưng cô thoát khỏi chương trình của họ và tiếp tục chiến đấu. Cô tìm thấy Isaacs tại hiện trường, và anh ta bị cắn khi chạy trốn qua trực thăng. Alice và K-Mart sử dụng máy tính của Isaacs để theo dõi đường bay của máy bay trực thăng, dẫn họ đến cơ sở ngầm của Umbrella.
Đoàn xe đi đến địa điểm được bao quanh bởi hàng ngàn thây ma. Carlos hy sinh bản thân bằng cách cắm chiếc xe tải của mình vào đám đông zombie và thổi tung giàn khoan, cho Alice và Claire có thời gian để đưa những người sống sót vào trực thăng, mặc dù Alice quyết định ở lại. Theo lệnh của Wesker, Slater và một nhóm biệt kích đến phòng thí nghiệm của Isaacs, nơi anh ta tự tiêm một lượng lớn thuốc chống vi-rút để cố gắng chống lại sự lây nhiễm. Slater bắn anh ta, gây ra một đột biến biến Isaacs thành một sinh vật quái dị. Mặc dù anh ta vẫn giữ được trí thông minh của mình, Isaacs giết chết Slater cũng như mọi người trong cơ sở; chỉ giới hạn ở cấp độ thấp hơn của phòng thí nghiệm.
Bước vào cơ sở, Alice gặp một hình ba chiều của “chị em” AI của Nữ hoàng Đỏ, Nữ hoàng Trắng. Cô thông báo cho Alice rằng máu của cô có thể chữa khỏi virus T, bảo vệ hành động trước đó của Nữ hoàng Đỏ và tiết lộ những gì đã xảy ra với bác sĩ Isaacs. Trên đường đến tầng thấp hơn của phòng thí nghiệm, Alice phát hiện ra một trong những bản sao của mình. Nó tỉnh dậy, nhưng dường như chết vì sốc ngay sau đó. Khi Alice tìm thấy Isaacs, họ cãi nhau đến một bản sao của hành lang laser của The Hive – thứ sẽ giết chết người sau. Ngay khi Alice sắp gặp số phận tương tự, hệ thống bị vô hiệu hóa bởi bản sao của cô – được tiết lộ là còn sống.
Sau đó tại Tokyo, Nhật Bản, Wesker thông báo cho các chủ tịch đồng nghiệp của mình rằng cơ sở ở Bắc Mỹ đã bị mất. Alice xuất hiện trong cuộc họp, tuyên bố rằng cô và “bạn bè” của mình (đề cập đến các bản sao khác) đang đến với anh ta.
