Tiến sĩ James Marcus, người sáng lập Tập đoàn Dù, có một cô con gái sắp chết vì lão hóa sớm. Mong muốn cứu cô, Marcus đã phát hiện ra T-virus. Virus có tác dụng phụ của đột biến đột ngột và không kiểm soát được; một cậu bé chết trong cáp treo lên núi Bàn, sau đó sống lại và giết chết những hành khách khác. Khi Marcus cố gắng để chương trình ngừng hoạt động, đồng nghiệp của ông, Tiến sĩ Alexander Isaacs, đã ra lệnh cho Albert Wesker giết anh ta. Isaacs đã tạo ra avatar của Nữ hoàng Đỏ bằng cách sử dụng hình ảnh của con gái Marcus.
Sau các sự kiện ở Washington D.C., Alice tỉnh dậy sau khi bị Wesker phản bội một lần nữa. The Red Nữ hoàng xuất hiện và nói với Alice, cô có 48 giờ để thâm nhập vào Hive, hơn 400 dặm về phía tây trên I-64 tại thành phố Raccoon. Tập đoàn Dù đã phát triển một loại thuốc chống vi-rút trong không khí, có thể tiêu diệt mọi sinh vật bị nhiễm vi-rút T, nhưng đang chờ vài nghìn người cuối cùng bị xóa sổ.
Trên đường đến thành phố Raccoon, Alice bị Isaacs bắt khi đang học, người mà cô đã giết trước đó là một bản sao. Cuối cùng cô cũng thoát khỏi đoàn xe của anh ta và đến thành phố Raccoon, nơi cô bị một nhóm người sống sót phục kích: Doc, Abigail, Christian, Cobalt, Razor và Claire Redfield, người sống sót sau cuộc tấn công vào Arcadia. Đoàn xe của Isaacs đến gần, kéo theo một đám zombie. Alice và cả nhóm đánh bại đoàn xe, lấy lại vài người bị giam cầm của Isaacs và đốt cháy đám đông, mặc dù Cobalt bị giết. Alice và phi hành đoàn đi vào lối vào Hive, dưới đáy miệng núi lửa từ quả bom hạt nhân trước đó đã rơi xuống thành phố. Wesker, trong sự kiểm soát của Hive, thả những con chó bảo vệ đột biến, giết Christian và một tù nhân được giải thoát.
Nữ hoàng Đỏ xuất hiện với Alice và giải thích rằng chương trình của cô đang có mâu thuẫn, vì cô không bao giờ có thể làm tổn thương một nhân viên của Umbrella mà còn phải coi trọng tính mạng con người. Cô đóng một đoạn video về Isaacs giải thích cho các giám đốc điều hành của Umbrella về kế hoạch phát hành virus T, làm sạch thế giới của loài người và xu hướng gây ra những thảm họa hủy diệt; nhiều người giàu có và quyền lực, bao gồm cả các giám đốc điều hành của công ty, được lưu trữ trong các viên nang đông lạnh trong Tổ ong, với ý định họ xây dựng lại thế giới sau ngày tận thế. Nữ hoàng Đỏ cảnh báo Alice rằng ai đó trong nhóm của cô đang giúp đỡ Umbrella.
Cả nhóm gặp phải một số bẫy, giết chết Abigail và Dao cạo. Alice và Doc ném bom khắp Hive, từ thiết bị còn sót lại của đội ban đầu để điều tra Hive. Alice đối đầu với Isaacs thực sự, được nâng cấp công nghệ. Doc được tiết lộ là gián điệp của Umbrella và Claire bị Wesker bắt giữ. Một viên nang đông lạnh mở ra, giải phóng Alicia Marcus, đồng sở hữu của Umbrella và con gái của Marcus. Isaacs tiết lộ với Alice rằng cô thực sự là một bản sao của Alicia, trước khi tiếp tục giải thích kế hoạch loại bỏ cặp đôi này và nắm quyền kiểm soát của Umbrella. Alicia bắn Wesker, cho phép Nữ hoàng Đỏ nghiền nát đôi chân của mình bằng một cánh cửa an ninh. Doc cố bắn Alice, nhưng khẩu súng của anh ta trống rỗng – vì Alice trước đó đã suy luận về sự phản bội của anh ta – và Claire xử tử anh ta. Sau khi trao cho Wesker một người chết chuyển sang những quả bom đã được mồi sẵn, Alice và Claire theo đuổi Isaacs trong khi Alicia tải lên một bản sao ký ức thời thơ ấu của cô.
Isaacs, Alice và Claire chiến đấu; Isaacs áp đảo Claire và tấn công Alice trong Hành lang Laser, cuối cùng đánh bại cô ta, nhưng cô ta sử dụng khoảnh khắc đó để kích hoạt một quả lựu đạn trong túi của anh ta. Cô trốn thoát lên bề mặt với chất chống vi-rút, nhưng Isaacs khởi động lại và bắt cô trước khi cô có thể giải phóng nó. Trước khi anh ta có thể giết cô, bản sao của Isaacs (từ đoàn xe) đến và giết chết anh ta, tin rằng mình là Isaac nguyên bản, nhưng bản sao sau đó bị nuốt chửng bởi xác sống. Alice giải phóng chất chống vi-rút, giết chết tất cả các xác sống xung quanh cô trước khi cô bất tỉnh. Wesker đồng thời thả công tắc của người chết, tiêu diệt chính anh ta, Alicia, tổ ong và tinh hoa ngủ đông.
Claire đánh thức Alice, người sống sót vì chất chống vi-rút chỉ giết chết vi-rút T trong cơ thể cô chứ không phải các tế bào khỏe mạnh. Nữ hoàng Đỏ đăng tải ký ức thời thơ ấu của Alicia vào Alice, ban cho cô một tuổi thơ. Alice đi đến Manhattan, nói rằng chất chống vi-rút, chỉ mang theo gió, sẽ mất nhiều năm để đến được mọi nơi trên thế giới và cho đến khi nó hoàn thành, nhiệm vụ của cô vẫn chưa kết thúc.
