Bên dưới thành phố Raccoon tồn tại một cơ sở nghiên cứu di truyền được gọi là Tổ ong, thuộc sở hữu của Tập đoàn Dù. Một tên trộm đánh cắp virus T biến đổi gen và làm nhiễm độc tổ ong với nó. Đáp lại, trí thông minh nhân tạo của cơ sở, Nữ hoàng Đỏ, phong ấn Tổ ong và giết chết mọi người bên trong.
Alice tỉnh dậy trong phòng tắm của một biệt thự hoang vắng với chứng hay quên. Cô mặc quần áo, kiểm tra biệt thự và được một người vô danh giải quyết khi một nhóm biệt kích do James Shadow chỉ huy đột nhập. Kẻ tấn công Alice, bị trói và sau đó được thả ra khi anh ta tự xưng là Matt Addison, người vừa chuyển đến làm cảnh sát ở Raccoon P.D. Alice và Matt được lệnh đi xuống Hive cùng với nhóm, nơi họ tìm thấy một người mất trí nhớ khác, Spence, được giấu trong tàu của họ. Các đặc công giải thích rằng tất cả mọi người trong nhóm ngoại trừ Matt là nhân viên của Tập đoàn Dù, và Alice và đối tác của cô, Spence được giao nhiệm vụ bảo vệ lối vào bí mật của Hive, dưới biệt thự.
Tại buồng của Nữ hoàng Đỏ, một hệ thống phòng thủ laser giết chết Shadow và thêm ba tên biệt kích. Bất chấp lời cầu xin khẩn cấp của Nữ hoàng Đỏ để nhóm rời đi, Kaplan đã vô hiệu hóa nó, khiến sức mạnh không thành công và tất cả các cánh cửa trong Tổ ong mở ra. Điều này giải phóng các nhân viên được ngăn chặn và các đơn vị ngăn chặn có chứa Lickers, những sinh vật được tạo ra thông qua thử nghiệm với T-virus. Khi mọi người tập hợp lại, họ bị phục kích bởi một đám zombie và một cuộc đấu súng xảy ra. J.D. bị diệt vong khi nhóm bị áp đảo. Một cơn mưa cắn rút lui với Kaplan và Spence; Matt trở nên xa cách với Alice, người bắt đầu lấy lại ký ức.
Matt tìm kiếm thông tin về em gái của mình, Lisa, và tìm thấy cô ấy được hình thành. Alice cứu anh ta, và Matt giải thích anh ta và Lisa là những nhà hoạt động môi trường, và Lisa đã xâm nhập vào Umbrella để buôn lậu các bằng chứng của các thí nghiệm bất hợp pháp. Alice nhớ rằng cô là người liên lạc của Lisa trong Tổ ong nhưng không nói với Matt. Những người sống sót đoàn tụ tại buồng của Nữ hoàng Đỏ, và các đặc công giải thích họ có một giờ trước khi Hive nhốt họ bên trong một cách tự động. Alice và Kaplan kích hoạt Nữ hoàng Đỏ để tìm lối ra. Để buộc cô hợp tác, họ buộc phải tắt máy từ xa. Khi họ trốn thoát qua các đường hầm bảo trì, thây ma phục kích họ và một J.D. đã tỉnh lại cắn Rain trước khi cô bắn chết anh ta. Tất cả đều đạt đến sự an toàn ngoại trừ Kaplan, người bị cắn và tách khỏi nhóm.
Alice nhớ rằng một loại thuốc chống vi-rút có trong phòng thí nghiệm, nhưng họ thấy nó bị thiếu. Spence nhớ rằng anh ta đã đánh cắp và giải phóng T-virus, đồng thời giấu nó và chống vi-rút trên tàu. Anh ta quay lưng lại với những người khác nhưng bị zombie cắn, anh ta giết chết trước khi nhốt những người sống sót trong phòng thí nghiệm. Spence lấy virus chống lại, nhưng sau đó bị giết bởi Licker. Nữ hoàng Đỏ đề nghị tha cho Alice và Matt nếu họ giết Rain, người có sức khỏe mờ dần và người đã bị nhiễm bệnh quá lâu để thuốc chống vi rút hoạt động đáng tin cậy. Khi Licker cố gắng tiếp cận họ, mất điện xảy ra. Cánh cửa phòng thí nghiệm mở ra cho thấy một Kaplan vẫn còn sống đã đóng cửa Nữ hoàng Đỏ để mở cửa. Cả nhóm đi đến tàu, nơi Alice lấy virus T và giết chết Spence đã được hồi sinh trước khi trốn thoát cùng với những người khác.
Trên tàu, họ tiêm thuốc chống mưa và Kaplan. Tuy nhiên, Licker đang trốn trên tàu và tấn công họ, vuốt Matt và giết Kaplan. Alice khuất phục Licker trước khi Matt bị tấn công bởi một cơn mưa hình thành. Anh ta bắn chết Rain, và đầu cô chạm vào một nút, mở một cánh cửa và thả Licker dưới tàu, giết chết nó. Tại biệt thự, vết thương của Matt bắt đầu biến đổi. Trước khi Alice có thể cho anh ta chống vi-rút, cánh cửa biệt thự bật mở và một nhóm các nhà khoa học của họ đã bắt giữ họ. Họ khuất phục Alice và đưa Matt đi, tiết lộ rằng anh ta sẽ được đưa vào Chương trình Nemesis, và Hive sẽ được mở lại để điều tra về vụ việc.
Một thời gian sau, Alice tỉnh dậy tại Bệnh viện thành phố Raccoon bị trói vào bàn khám. Sau khi trốn thoát, cô đi ra ngoài và thấy thành phố Raccoon vắng vẻ và hoang tàn. Bộ phim kết thúc với cảnh Alice chộp lấy một khẩu súng ngắn từ một chiếc xe cảnh sát bỏ hoang và đi bộ trên đường phố.
